免疫系统紊乱可导致免疫系统活性异常低或异常高。在免疫系统过度活跃的情况下，机体会攻击并破坏自身组织（自身免疫性疾病）。免疫缺陷疾病会降低人体抵抗外界入侵的能力，导致机体易被感染。

被未知因素触发，免疫系统可能会产生某些抗体。这些抗体不会对抗感染，反而会攻击人体自身的组织。自身免疫性疾病的治疗一般侧重于降低免疫系统的活跃度。



自身免疫性疾病包括：

类风湿性关节炎

免疫系统产生附着在关节内层的抗体。然后免疫系统细胞攻击关节，引起炎症、肿胀和疼痛。如果不治疗，类风湿关节炎可逐渐导致永久性的关节损伤。类风湿关节炎的治疗可使用各种口服或注射降低免疫系统的活跃度的药物。

系统性红斑狼疮

系统性红斑狼疮患者会产生自身免疫性抗体，这种抗体可以附着在全身的组织上。症状常累及关节、肺、血细胞、神经和肾脏。常见的治疗方法为每天口服强的松，这是一种降低免疫系统功能的类固醇药物。

炎症性肠病

免疫系统攻击肠壁，导致腹泻、直肠出血、排便急、腹痛、发烧和体重减轻等症状。炎症性肠病有溃疡性结肠炎和克罗恩病两种主要形式。口服和注射免疫抑制药物可治疗炎症性肠病。

多发性硬化

免疫系统攻击神经细胞，引起的症状包括疼痛、失明、虚弱、协调性差和肌肉痉挛。各种抑制免疫系统的药物均可用于治疗多发性硬化症。

1型糖尿病

免疫系统产生抗体攻击和破坏胰腺中产生胰岛素的细胞。年轻的1型糖尿病患者需要注射胰岛素才能存活。

格林-巴利综合征

免疫系统攻击控制腿部肌肉的神经组织，有时也会攻击手臂和上半身。疾病导致患者虚弱，有时后果非常严重。格林-巴利综合征的主要治疗方法是用血浆置换术过滤患者血液。

慢性炎性脱髓鞘性多发性神经根神经病

与格林-巴利综合征类似，患者的免疫系统也会攻击神经系统，但症状持续的时间要长得多。如果不及早诊断和治疗，30% 左右的患者需依赖轮椅来活动。慢性炎性脱髓鞘性多发性神经根神经病和格林-巴利综合征的治疗方法基本相同。

银屑病

在银屑病中，过度活跃的免疫系统 T 细胞（一类血细胞）聚集在皮肤上。免疫系统的活动刺激皮肤细胞迅速繁殖，在皮肤上产生银色鳞状斑块。

甲状腺功能亢进

免疫系统产生抗体，刺激甲状腺向血液中释放过量的甲状腺激素（甲亢）。甲状腺功能亢进疾病的症状包括眼睛肿胀、体重减轻、神经紧张、易怒、心率加快、虚弱和头发干燥易断。治疗甲状腺功能亢进疾病通常需要使用药物或手术方法破坏或摘除甲状腺。

桥本甲状腺炎

免疫系统产生的抗体攻击甲状腺，缓慢地破坏产生甲状腺激素的细胞。甲状腺激素水平降低（甲状腺功能减退），通常持续数月至数年。症状包括疲劳、便秘、体重增加、抑郁、皮肤干燥和对寒冷敏感。每日口服合成甲状腺激素药片可令患者身体功能恢复正常。

重症肌无力

抗体与神经结合，使其无法正常刺激肌肉。重症肌无力的主要症状是患者活动后虚弱感加重。大力丸（溴吡斯的明）是治疗重症肌无力的主要药物。

血管炎

在这类自身免疫性疾病中，免疫系统会攻击和破坏血管。血管炎可以影响任何器官，因此症状千差万别，几乎可累及身体任何部位。通常使用强的松或其他皮质类固醇药物，降低患者免疫系统活性进行治疗。